霉菌通常生长在阴暗潮湿的环境中，适应较低的温度，最严重的情况往往发生在高温库内。冷库内的霉菌生长会导致孢子传播并污染存放的货物和产品。虽然霉菌本身无害且不产生毒素，但商品的霉变会对外观造成严重影响，并促使肉类腐烂。因此，除霉工作一直备受关注，尽管目前存在许多不方便的除霉方法，仍需要进一步的研究和改进。
冷库除霉的方法主要分为三类：机械除霉、物理除霉和化学除霉。
机械除霉法是通过清洁和清除霉菌的部分来进行的，通常与其他除霉方法结合使用。其中一种方法是空气洗涤法，利用喷水器在进风口处，当空气循环时能够冲洗掉霉菌孢子，类似于现在常见的湿式冷风机，可以有效减少霉菌数量。
物理除霉法利用温度、湿度、紫外光、高频电和铜丝网滤器等物理手段来除霉。霉菌的生长温度范围一般在-6℃至40℃之间，因此在低温库中霉菌生长较少，此外，使用热碱水也可以杀灭工具和设备上的霉菌。温度对霉菌生长有很大影响，因此在控制温度方面需要适度。紫外光除霉是一种较好的方法，既能杀菌除霉，还具有一定的除臭效果。然而，紫外光只对直接照射的部分起作用，一般每立方米使用0.33～3瓦特的紫外光辐射，在距离为2米的面积上照射6小时可以杀灭微生物。紫外光的效果受温度和湿度影响，接近微生物正常生长温度且湿度较高时，杀菌除霉能力会更强。此外，紫外光能够促进脂肪氧化，因此在使用时需要注意。在逆风口安装铜丝网滤器可以杀灭一部分霉菌。
化学除霉法常用的方法包括乳酸、二氧化碳、臭氧、甲醛、漂白剂、氟化钠和羟基联苯酚钠等。
乳酸法是一种可靠的消毒方法，具有除霉、杀菌和除臭的功效。使用时，首先清洁库房，每立方米使用1毫升的粗制乳酸，再加入1～2倍的清水，将混合液放置在搪瓷盆内，置于电炉上加热蒸发，一般要求在半小时至3小时左右将药液蒸发完。然后关闭电炉，密闭库门达6～24小时左右，使乳酸与细菌或霉菌充分作用，以达到消毒的目的。经由湖南省肉食公司下属的“除霉杀毒实验小组”实验证明，每立方米使用1毫升的乳酸消毒剂对库房的除霉杀菌效果有一定作用，消毒后库房内的细菌下降了70%，霉菌下降了70%。
